Wir betreiben experimentelle und Computer-gestützte Genomik, wobei wir uns auf zwei Themen konzentrieren: Experimentelle Epigenetik und Computer-gestützten Genomvergleich. In der Epigenetik untersuchen wir die Veränderungen von Histon-Markierungen nach Umweltveränderungen. Dafür verwenden wir qPCR an Kandidaten-Genen und Genom-weites ChIP-Seq. Wir arbeiten hauptsächlich mit auskreuzenden Mäusen und nicht mit den ingezüchteten Tieren der biomedizinischen Forschung. Die Herausforderung dabei ist, Epigenetik auf dem Hintergrund genetischer Variation zu machen.
Unsere Arbeit in Computer-gestützter Genomik ist zweigeteilt: Alignment-basiert und Alignment-frei. Ziel der Alignment-basierten Forschung ist die effiziente Schätzung populationsgenetischer Parameter, wie in unserem Programm mlRho implementiert. In der Alignment-freien Arbeit verwenden wir moderne String-Algorithmen, um den genetischen Abstand zwischen Genomen zu schätzen. Ein Beispiel dafür ist das Programm kr.
Mehr Informationen hier: guanine.evolbio.mpg.de
