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| Forschungsgruppe Bioinformatik (B. Haubold) |
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Forschiungsgruppe Bioinformatik
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In der Bioinformatikgruppe arbeiten wir an zwei Themen: Computer-Genomik und Speziation. In der ComputerGenomik verwenden wir moderne Algorithmen, die auf Suffixbäumen basieren, um nah verwandte Genome zu vergleichen. Unser Ansatz kommt ohne Alignment aus, was ihn schnell und Speicher-effizient macht. Eines der Ziele dieser Arbeit ist, Stammbäume aus nicht-alignierten Genomen zu berechnen.
Auf dem Gebiet der Speziation arbeiten wir mit den Experimentalisten in der Abteilung "Evolutionäre Genetik" zusammen. Zum Beispiel erforschen wir im Augenblick mit Hilfe schneller Sequenziermethoden das Transkriptom von Krähen.
Leiter der Arbeitsgruppe:
Prof. Dr. Bernhard Haubold
Generalized suffix tree of two sequences, ACCGT and TCGT.
Every path from the root at the top to a leaf is labeled by a suffix beginning at
the leaf labels. These show the sequence, followed by the start
position. For example, the suffix CGT starts in sequence S_1 at position
3 and in sequence S_2 at position 2.
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Weitere Informationen
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http://guanine.evolbio.mpg.de
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© 2012, Max-Planck-Institut für Evolutionsbiologie, Plön |
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