Das Max-Planck-Institut für Evolutionsbiologie besteht aus den drei Abteilungen Evolutionsökologie, Evolutionsgenetik und Evolutionstheorie (im Aufbau). Es betreibt Grundlagenforschung, um grundsätzliche evolutionsbiologische Prozesse zu erklären wie etwa ökologische Anpassungen, Entstehung der Sexualität oder Evolution von Kooperativität. Die Spannbreite der Arbeiten beinhaltet ökologische, organismische, molekulare und theoretische Ansätze.

	Abteilung Evolutionsökologie (Milinski)
		Forschungsgruppe Parasitologie (Kalbe)
		Emmy-Noether-Gruppe Dynamiken von Artengemeinschaften (Becks)
	Abteilung Evolutionsgenetik (Tautz)
		Forschungsgruppe Bioinformatik (Haubold)
		Forschungsgruppe Evolutionäre Genetik von Fischen (Nolte)
		Forschungsgruppe Populationsgenetik (Reed)
	Forschungsgruppe Evolutionstheorie (Traulsen)
	Max-Planck Forschungsgruppe Experimentelle Evolution (Greig)
	Gast Gruppe Evolutionäre Genomik (Baines)
	Externes Wissenschaftliches Mitglied:
	Experimentelle und Evolutionäre Genetik (Rainey)