Publications of Tobias L. Lenz

Efstratiou, A.; Gaigher, A.; Künzel, S.; Teles, A.; Lenz, T. L.: Template‐specific optimization of NGS genotyping pipelines reveals allele‐specific variation in MHC gene expression. Molecular Ecology Resources 24 (4), e13935 (2024)

Thorburn, D.-M. J.; Sagonas, K.; Binzer-Panchal, M.; Chain, F. J.J.; Feulner, P. G. D.; Bornberg-Bauer, E.; Reusch, T. B. H.; Samonte-Padilla, I. E.; Milinski, M.; Lenz, T. L. et al.; Eizaguirre, C.: Origin matters: Using a local reference genome improves measures in population genomics. Molecular Ecology Resources 23 (7), pp. 1706 - 1723 (2023)

Degenhardt, F.; Ellinghaus, D.; Juzenas, S.; Lerga-Jaso, J.; Wendorff, M.; Maya-Miles, D.; Uellendahl-Werth, F.; El Abd, H.; Rühlemann, M. C.; Arora, J. et al.; Özer, O.; Lenning, O. B.; Myhre, R.; Vadla, M. S.; Wacker, E. M.; Wienbrandt, L.; Ortiz, A. B.; Salazar, A.; Chercoles, A. G.; Palom, A.; Ruiz, A.; Garcia-Fernandez, A.-E.; Blanco-Grau, A.; Mantovani, A.; Zanella, A.; Holten, A. R.; Mayer, A.; Bandera, A.; Cherubini, A.; Protti, A.; Aghemo, A.; Gerussi, A.; Ramirez, A.; Braun, A.; Nebel, A.; Barreira, A.; Lleo, A.; Teles, A.; Kildal, A. B.; Biondi, A.; Caballero-Garralda, A.; Ganna, A.; Gori, A.; Glück, A.; Lind, A.; Tanck, A.; Hinney, A.; Nolla, A. C.; Fracanzani, A. L.; Peschuck, A.; Cavallero, A.; Dyrhol-Riise, A. M.; Ruello, A.; Julià, A.; Muscatello, A.; Pesenti, A.; Voza, A.; Rando-Segura, A.; Solier, A.; Schmidt, A.; Cortes, B.; Mateos, B.; Nafria-Jimenez, B.; Schaefer, B.; Jensen, B.; Bellinghausen, C.; Maj, C.; Ferrando, C.; Horra, C.; Quereda, C.; Skurk, C.; Thibeault, C.; Scollo, C.; Herr, C.; Spinner, C. D.; Gassner, C.; Lange, C.; Hu, C.; Paccapelo, C.; Lehmann, C.; Angelini, C.; Cappadona, C.; Azuure, C.; Bianco, C.; Cea, C.; Sancho, C.; Hoff, D. A. L.; Galimberti, D.; Prati, D.; Haschka, D.; Jiménez, D.; Pestaña, D.; Toapanta, D.; Muñiz-Diaz, E.; Azzolini, E.; Sandoval, E.; Binatti, E.; Scarpini, E.; Helbig, E. T.; Casalone, E.; Urrechaga, E.; Paraboschi, E. M.; Pontali, E.; Reverter, E.; Calderón, E. J.; Navas, E.; Solligård, E.; Contro, E.; Arana-Arri, E.; Aziz, F.; Garcia, F.; Sánchez, F. G.; Ceriotti, F.; Martinelli-Boneschi, F.; Peyvandi, F.; Kurth, F.; Blasi, F.; Malvestiti, F.; Medrano, F. J.; Mesonero, F.; Rodriguez-Frias, F.; Hanses, F.; Müller, F.; Hemmrich-Stanisak, G.; Bellani, G.; Grasselli, G.; Pezzoli, G.; Costantino, G.; Albano, G.; Cardamone, G.; Bellelli, G.; Citerio, G.; Foti, G.; Lamorte, G.; Matullo, G.; Baselli, G.; Kurihara, H.; Neb, H.; My, I.; Kurth, I.; Hernández, I.; Pink, I.; Rojas, I.; Galván-Femenia, I.; Holter, J. C.; Afset, J. E.; Heyckendorf, J.; Kässens, J.; Damås, J. K.; Rybniker, J.; Altmüller, J.; Ampuero, J.; Martín, J.; Erdmann, J.; Banales, J. M.; Badia, J. R.; Dopazo, J.; Schneider, J.; Bergan, J.; Barretina, J.; Walter, J.; Quero, J. H.; Goikoetxea, J.; Delgado, J.; Guerrero, J. M.; Fazaal, J.; Kraft, J.; Schröder, J.; Risnes, K.; Banasik, K.; Müller, K. E.; Gaede, K. I.; Garcia-Etxebarria, K.; Tonby, K.; Heggelund, L.; Izquierdo-Sanchez, L.; Bettini, L. R.; Sumoy, L.; Sander, L. E.; Lippert, L. J.; Terranova, L.; Nkambule, L.; Knopp, L.; Gustad, L. T.; Garbarino, L.; Santoro, L.; Téllez, L.; Roade, L.; Ostadreza, M.; Intxausti, M.; Kogevinas, M.; Riveiro-Barciela, M.; Berger, M. M.; Schaefer, M.; Niemi, M. E. K.; Gutiérrez-Stampa, M. A.; Carrabba, M.; Figuera Basso, M. E.; Valsecchi, M. G.; Hernandez-Tejero, M.; Vehreschild, M. J. G. T.; Manunta, M.; Acosta-Herrera, M.; D'Angiò, M.; Baldini, M.; Cazzaniga, M.; Grimsrud, M. M.; Cornberg, M.; Nöthen, M. M.; Marquié, M.; Castoldi, M.; Cordioli, M.; Cecconi, M.; D'Amato, M.; Augustin, M.; Tomasi, M.; Boada, M.; Dreher, M.; Seilmaier, M. J.; Joannidis, M.; Wittig, M.; Mazzocco, M.; Ciccarelli, M.; Rodríguez-Gandía, M.; Bocciolone, M.; Miozzo, M.; Ayo, N. I.; Blay, N.; Chueca, N.; Montano, N.; Braun, N.; Ludwig, N.; Marx, N.; Martínez, N.; Cornely, O. A.; Witzke, O.; Palmieri, O.; Faverio, P.; Preatoni, P.; Bonfanti, P.; Omodei, P.; Tentorio, P.; Castro, P.; Rodrigues, P. M.; España, P. P.; Hoffmann, P.; Rosenstiel, P.; Schommers, P.; Suwalski, P.; Pablo, R.; Ferrer, R.; Bals, R.; Gualtierotti, R.; Gallego-Durán, R.; Nieto, R.; Carpani, R.; Morilla, R.; Badalamenti, S.; Haider, S.; Ciesek, S.; May, S.; Bombace, S.; Marsal, S.; Pigazzini, S.; Klein, S.; Pelusi, S.; Wilfling, S.; Bosari, S.; Volland, S.; Brunak, S.; Raychaudhuri, S.; Schreiber, S.; Heilmann-Heimbach, S.; Aliberti, S.; Ripke, S.; Dudman, S.; Wesse, T.; Zheng, T.; Bahmer, T.; Eggermann, T.; Illig, T.; Brenner, T.; Pumarola, T.; Feldt, T.; Folseraas, T.; Cejudo, T. G.; Landmesser, U.; Protzer, U.; Hehr, U.; Rimoldi, V.; Monzani, V.; Skogen, V.; Keitel, V.; Kopfnagel, V.; Friaza, V.; Andrade, V.; Moreno, V.; Albrecht, W.; Peter, W.; Poller, W.; Farre, X.; Yi, X.; Wang, X.; Khodamoradi, Y.; Karadeniz, Z.; Latiano, A.; Goerg, S.; Bacher, P.; Koehler, P.; Tran, F.; Zoller, H.; Schulte, E. C.; Heidecker, B.; Ludwig, K. U.; Fernández, J.; Romero-Gómez, M.; Albillos, A.; Invernizzi, P.; Buti, M.; Duga, S.; Bujanda, L.; Hov, J. R.; Lenz, T. L.; Asselta, R.; Cid, R.; Valenti, L.; Karlsen, T. H.; Cáceres, M.; Franke, A.: Detailed stratified GWAS analysis for severe COVID-19 in four European populations. Human Molecular Genetics 31 (23), pp. 3945 - 3966 (2022)

Purde, M.-T.; Niederer, R.; Wagner, N. B.; Diem, S.; Berner, F.; Hasan Ali, O.; Hillmann, D.; Bergamin, I.; Joerger, M.; Risch, M. et al.; Niederhauser, C.; Lenz, T. L.; Früh, M.; Risch, L.; Semela, D.; Flatz, L.: Presence of autoantibodies in serum does not impact the occurrence of immune checkpoint inhibitor-induced hepatitis in a prospective cohort of cancer patients. Journal of Cancer Research and Clinical Oncology 148 (3), pp. 647 - 656 (2022)

Pagliuca, S.; Gurnari, C.; Awada, H.; Kishtagari, A.; Kongkiatkamon, S.; Terkawi, L.; Zawit, M.; Guan, Y.; LaFramboise, T.; Jha, B. K. et al.; Patel, B. J.; Hamilton, B. K.; Majhail, N. S.; Lundgren, S.; Mustjoki, S.; Saunthararajah, Y.; Visconte, V.; Chan, T. A.; Yang, C.-Y.; Lenz, T. L.; Maciejewski, J. P.: The similarity of class II HLA genotypes defines patterns of autoreactivity in idiopathic bone marrow failure disorders. Blood 138 (26), pp. 2781 - 2798 (2021)

COVID-19 Host Genetics initiative; including authors; Lenz, T. L.; Teles, A.; Azuure, C.; Özer, O.; Niemi, M. E. K.; Karjalainen, J.; Liao, R. G.; Neale, B. M. et al.; Daly, M.; Ganna, A.; Pathak, G. A.; Andrews, S. J.; Kanai, M.; Veerapen, K.; Fernandez-Cadenas, I.; Schulte, E. C.; Striano, P.; Marttila, M.; Minica, C.; Marouli, E.; Karim, M. A.; Wendt, F. R.; Savage, J.; Sloofman, L.; Butler-Laporte, G.; Kim, H.-N.; Kanoni, S.; Okada, Y.; Byun, J.; Han, Y.; Uddin, M. J.; Smith, G. D.; Willer, C. J.; Buxbaum, J. D.; Mehtonen, J.; Finucane, H.; Cordioli, M.; Martin, A. R.; Zhou, W.; Pasaniuc, B.; Julienne, H.; Aschard, H.; Shi, H.; Yengo, L.; Polimanti, R.; Ghoussaini, M.; Schwartzentruber, J.; Dunham, I.; Chwialkowska, K.; Francescatto, M.; Trankiem, A.; Balaconis, M. K.; Davis, L.; Lee, S.; Priest, J.; Renieri, A.; Sankaran, V. G.; van Heel, D.; Deelen, P.; Richards, J. B.; Nakanishi, T.; Biesecker, L.; Kerchberger, V. E.; Baillie, J. K.; Mari, F.; Bernasconi, A.; Baillie, S. C.; Canakoglu, A.; Wolford, B.; Faucon, A.; Dutta, A. K.; Schurmann, C.; Harry, E.; Birney, E.; Nguyen, H.; Nasir, J.; Kaunisto, M.; Solomonson, M.; Dueker, N.; Vadgama, N.; Limou, S.; Rahmouni, S.; Mbarek, H.; Darwish, D.; Uddin, M. M.; Albertos, R.; Pérez-Tur, J.; Li, R.; Folkersen, L.; Moltke, I.; Koelling, N.; Teumer, A.; Kousathanas, A.; Utrilla, A.; Verdugo, R. A.; Zárate, R.; Medina-Gómez, C.; Gómez-Cabrero, D.; Carnero-Montoro, E.; Cadilla, C. L.; Moreno-Estrada, A.; Garmendia, A.; Moya, L.; Sedaghati-Khayat, B.; Boua, P. R.; Favé, M.-J.; Francioli, L.; Lemaçon, A.; Migeotte, I.; Patel, S.; Varnai, R.; Szentpeteri, J. L.; Sipeky, C.; Colombo, F.; von Hohenstaufen, K.; Lio, P.; Vallerga, C.; Wang, Q.; Tanigawa, Y.; Im, H.; Han, C.; Song, H.; Lim, J.; Lee, Y.; Kim, S.; Im, S.; Atanasovska, B.; Ahmad, H. F.; Boer, C.; Jansen, P.; Franke, L.; Kaja, E.; Pasko, D.; Kennis-Szilagyi, I.; Kornilov, S. A.; Prijatelj, V.; Prokić, I.; Sivanadhan, I.; Perumal, S.; Esmaeeli, S.; Pearson, N. M.; Auton, A.; Shelton, J. F.; Shastri, A. J.; Filshtein-Sonmez, T.; Coker, D.; Symons, A.; Esparza-Gordillo, J.; Aslibekyan, S.; O’Connell, J.; Ye, C.; Weldon, C. H.; Perera, M.; O’Leary, K.; Tuck, M.; O’Brien, T.; Meltzer, D.; O’Donnell, P.; Nutescu, E.; Yang, G.; Alarcon, C.; Herrmann, S.; Mazurek, S.; Banagan, J.; Hamidi, Z.; Barbour, A.; Raffat, N.; Moreno, D.; Friedman, P.; Ferwerda, B.; van de Beek, D.; Brouwer, M. C.; Vlaar, A. P. J.; Wiersinga, W. J.; Posthuma, D.; Tissink, E.; Zwinderman, K. H. A.; Uffelmann, E.; van Agtmael, M.; Algera, A. G.; van Baarle, F.; Bax, D.; Beudel, M.; Jan Bogaard, H.; Bomers, M.; Bonta, P. I.; Bos, L.; Botta, M.; de Brabander, J.; de Bree, G.; de Bruin, S.; Bugiani, M.; Bulle, E.; Chouchane, O.; Cloherty, A.; Dongelmans, D.; Elbers, P.; Fleuren, L.; Geerlings, S.; Geerts, B.; Geijtenbeek, T.; Girbes, A.; Goorhuis, B.; Grobusch, M. P.; Hafkamp, F.; Hagens, L.; Hamann, J.; Harris, V.; Hemke, R.; Hermans, S. M.; Heunks, L.; Hollmann, M.; Horn, J.; Hovius, J. W.; de Jong, D. M.; Koning, R.; van Mourik, N.; Nellen, J.; Nossent, E. J.; Paulus, F.; Peters, E.; van der Poll, T.; Preckel, B.; Prins, J. M.; Raasveld, J.; Reijnders, T.; Schinkel, M.; Schultz, M. J.; Schuurman, A.; Sigaloff, K.; Smit, M.; Stijnis, C. S.; Stilma, W.; Teunissen, C.; Thoral, P.; Tsonas, A.; van der Valk, M.; Veelo, D.; de Vries, H.; van Vugt, M.; Wouters, D.; Minnaar, R. P.; Kromhout, A.; van Uffelen, J. K. W.; Wolterman, R. A.; Roberts, G.; Park, D.; Ball, C. A.; Coignet, M.; McCurdy, S.; Knight, S.; Partha, R.; Rhead, B.: Mapping the human genetic architecture of COVID-19. Nature 600 (7889), pp. 472 - 477 (2021)

Özer, O.; Lenz, T. L.: Unique pathogen peptidomes facilitate pathogen-specific selection and specialization of MHC alleles. Molecular Biology and Evolution 38 (10), pp. 4376 - 4387 (2021)

Haller, M.; Bonczarowska, J. H.; Rieger, D.; Lenz, T. L.; Nebel, A.; Krause-Kyora, B.: Ancient DNA study in medieval Europeans shows an association between HLA-Drb1*03 and paratyphoid fever. Frontiers in immunology 12, 691475 (2021)

Degenhardt, F.; Mayr, G.; Wendorff, M.; Boucher, G.; Ellinghaus, E.; Ellinghaus, D.; El Abd, H.; Rosati, E.; Hübenthal, M.; Juzenas, S. et al.; Abedian, S.; Vahedi, H.; BK, T.; Yang, S.-K.; Ye, B. D.; Cheon, J. H.; Datta, L. W.; Daryani, N. E.; Ellul, P.; Esaki, M.; Fuyuno, Y.; McGovern, D. P.; Haritunians, T.; Hong, M.; Juyal, G.; Jung, E. S.; Kubo, M.; Kugathasan, S.; Lenz, T. L.; Leslie, S.; Malekzadeh, R.; Midha, V.; Motyer, A.; Ng, S.; Okou, D.; Raychaudhuri, S.; Schembri, J.; Schreiber, S.; Song, K.; Sood, A.; Takahashi, A.; Torres, E.; Umeno, J.; Alizadeh, B.; Weersma, R.; Wong, S.; Yamazaki, K.; Karlsen, T.; Rioux, J.; Brant, S.; Franke, A.: Transethnic analysis of the human leukocyte antigen region for ulcerative colitis reveals not only shared but also ethnicity-specific disease associations. Human Molecular Genetics 30 (5), pp. 356 - 369 (2021)

Immel, A.; Pierini, F.; Rinne, C.; Meadows, J.; Barquera, R.; Szolek, A.; Susat, J.; Böhme, L.; Dose, J.; Bonczarowska, J. H. et al.; Drummer, C.; Fuchs, K.; Ellinghaus, D.; Kässens, J. C.; Furholt, M.; Kohlbacher, O.; Schade-Lindig, S.; Franke, A.; Schreiber, S.; Krause, J.; Müller, J.; Lenz, T. L.; Nebel, A.; Krause-Kyora, B.: Genome-wide study of a Neolithic Wartberg grave community reveals distinct HLA variation and hunter-gatherer ancestry. Communications Biology 4, 113 (2021)

Koneczny, I.; Yilmaz, V.; Lazaridis, K.; Tzartos, J.; Lenz, T. L.; Tzartos, S.; Tüzün, E.; Leypoldt, F.: Common denominators in the immunobiology of IgG4 autoimmune diseases: What do glomerulonephritis, pemphigus vulgaris, myasthenia gravis, thrombotic thrombocytopenic purpura and autoimmune encephalitis have in common? Frontiers in immunology 11, 605214 (2021)

Sagonas, K.; Meyer, B. S.; Kaufmann, J.; Lenz, T. L.; Häsler, R.; Eizaguirre, C.: Experimental parasite infection causes genome-wide changes in DNA methylation. Molecular Biology and Evolution 37 (8), pp. 2287 - 2299 (2020)

El Abd, H.; Bromberg, Y.; Hoarfrost, A.; Lenz, T. L.; Franke, A.; Wendorff, M.: Amino acid encoding for deep learning applications. BMC Bioinformatics 21, 235 (2020)

Ellinghaus, D.; Degenhardt, F.; Bujanda, L.; Buti, M.; Albillos, A.; Invernizzi, P.; Fernández, J.; Prati, D.; Baselli, G.; Asselta, R. et al.; Grimsrud, M. M.; Milani, C.; Aziz, F.; Kässens, J.; May, S.; Wendorff, M.; Wienbrandt, L.; Uellendahl-Werth, F.; Zheng, T.; Yi, X.; de Pablo, R.; Chercoles, A. G.; Palom, A.; Garcia-Fernandez, A.-E.; Rodriguez-Frias, F.; Zanella, A.; Bandera, A.; Protti, A.; Aghemo, A.; Lleo, A.; Biondi, A.; Caballero-Garralda, A.; Gori, A.; Tanck, A.; Carreras Nolla, A.; Latiano, A.; Fracanzani, A. L.; Peschuck, A.; Julià, A.; Pesenti, A.; Voza, A.; Jiménez, D.; Mateos, B.; Nafria Jimenez, B.; Quereda, C.; Paccapelo, C.; Gassner, C.; Angelini, C.; Cea, C.; Solier, A.; Pestaña, D.; Muñiz-Diaz, E.; Sandoval, E.; Paraboschi, E. M.; Navas, E.; García Sánchez, F.; Ceriotti, F.; Martinelli-Boneschi, F.; Peyvandi, F.; Blasi, F.; Téllez, L.; Blanco-Grau, A.; Hemmrich-Stanisak, G.; Grasselli, G.; Costantino, G.; Cardamone, G.; Foti, G.; Aneli, S.; Kurihara, H.; ElAbd, H.; My, I.; Galván-Femenia, I.; Martín, J.; Erdmann, J.; Ferrusquía-Acosta, J.; Garcia-Etxebarria, K.; Izquierdo-Sanchez, L.; Bettini, L. R.; Sumoy, L.; Terranova, L.; Moreira, L.; Santoro, L.; Scudeller, L.; Mesonero, F.; Roade, L.; Rühlemann, M. C.; Schaefer, M.; Carrabba, M.; Riveiro-Barciela, M.; Basso, F.; E., M.; Valsecchi, M. G.; Hernandez-Tejero, M.; Acosta-Herrera, M.; D’Angiò, M.; Baldini, M.; Cazzaniga, M.; Schulzky, M.; Cecconi, M.; Wittig, M.; Ciccarelli, M.; Rodríguez-Gandía, M.; Bocciolone, M.; Miozzo, M.; Montano, N.; Braun, N.; Sacchi, N.; Martínez, N.; Özer, O.; Palmieri, O.; Faverio, P.; Preatoni, P.; Bonfanti, P.; Omodei, P.; Tentorio, P.; Castro, P.; Rodrigues, P. M.; Blandino Ortiz, A.; de Cid, R.; Ferrer, R.; Gualtierotti, R.; Nieto, R.; Goerg, S.; Badalamenti, S.; Marsal, S.; Matullo, G.; Pelusi, S.; Juzenas, S.; Aliberti, S.; Monzani, V.; Moreno, V.; Wesse, T.; Lenz, T. L.; Pumarola, T.; Rimoldi, V.; Bosari, S.; Albrecht, W.; Peter, W.; Romero-Gómez, M.; D’Amato, M.; Duga, S.; Banales, J. M.; Hov, J. R.; Folseraas, T.; Valenti, L.; Franke, A.; Karlsen, T. H.: Genomewide association study of severe Covid-19 with respiratory failure. The New England Journal of Medicine: NEJM / Publ. by the Massachusetts Medical Society 383 (16), pp. 1522 - 1534 (2020)

Pierini, F.; Nutsua, M.; Böhme, L.; Özer, O.; Bonczarowska, J. H.; Susat, J.; Franke, A.; Nebel, A.; Krause-Kyora, B.; Lenz, T. L.: Targeted analysis of polymorphic loci from low-coverage shotgun sequence data allows accurate genotyping of HLA genes in historical human populations. Scientific Reports 10, 7339 (2020)

Radwan, J.; Babik, W.; Kaufman, J.; Lenz, T. L.; Winternitz, J.: Advances in the evolutionary understanding of MHC polymorphism. Trends in Genetics 36 (4), pp. 298 - 311 (2020)

Arora, J.; Pierini, F.; McLaren, P. J.; Carrington, M.; Fellay, J.; Lenz, T. L.: HLA heterozygote advantage against HIV-1 is driven by quantitative and qualitative differences in HLA allele-specific peptide presentation. Molecular Biology and Evolution 37 (3), pp. 639 - 650 (2020)

Chowell, D.; Krishna, C.; Pierini, F.; Makarov, V.; Rizvi, N. A.; Kuo, F.; Morris, L. G. T.; Riaz, N.; Lenz, T. L.; Chan, T. A.: Evolutionary divergence of HLA class I genotype impacts efficacy of cancer immunotherapy. Nature Medicine 25 (11), pp. 1715 - 1720 (2019)

Huang, Y.; Feulner, P. G. D.; Eizaguirre, C.; Lenz, T. L.; Bornberg-Bauer, E.; Milinski, M.; Reusch, T. B. H.; Chain, F. J. J.: Genome-wide genotype-expression relationships reveal both copy number and single nucleotide differentiation contribute to differential gene expression between stickleback ecotypes. Genome Biology and Evolution 11 (8), pp. 2344 - 2359 (2019)

Degenhardt, F.; Wendorff, M.; Wittig, M.; Ellinghaus, E.; Datta, L. W.; Schembri, J.; Ng, S. C.; Rosati, E.; Hübenthal, M.; Ellinghaus, D. et al.; Jung, E. S.; Lieb, W.; Abedian, S.; Malekzadeh, R.; Cheon, J. H.; Ellul, P.; Sood, A.; Midha, V.; Bk, T.; Wong, S. H.; Schreiber, S.; Yamazaki, K.; Kubo, M.; Boucher, G.; Rioux, J.; Lenz, T. L.; Brant, S. R.; Franke, A.: Construction and benchmarking of a multi-ethnic reference panel for the imputation of HLA class I and II alleles. Human Molecular Genetics 28 (12), pp. 2078 - 2092 (2019)