Search results

Ullrich, K. K.: CRBHits: From Conditional Reciprocal Best Hits toCodon Alignments and Ka/Ks in R. The Journal of Open Source Software 5 (55), 2424 (2020)

Xie, C.; Bekpen, C.; Künzel, S.; Keshavarz, M.; Krebs-Wheaton, R.; Skrabar, N.; Ullrich, K. K.; Zhang, W.; Tautz, D.: Dedicated transcriptomics combined with power analysis lead to functional understanding of genes with weak phenotypic changes in knockout lines. PLoS Computational Biology 16 (11), e1008354 (2020)

Fernandez-Pozo, N.; Haas, F. B.; Meyberg, R.; Ullrich, K. K.; Hiss, M.; Perroud, P.-F.; Hanke, S.; Kratz, V.; Powell, A. F.; Vesty, E. F. et al.; Daum, C. G.; Zane, M.; Lipzen, A.; Sreedasyam, A.; Grimwood, J.; Coates, J. C.; Barry, K.; Schmutz, J.; Mueller, L. A.; Rensing, S. A.: PEATmoss (Physcomitrella Expression Atlas Tool): a unified gene expression atlas for the model plant Physcomitrella patens. The Plant Journal 102 (1), pp. 165 - 177 (2020)

Linnenbrink, M.; Ullrich, K. K.; McConnell, E.; Tautz, D.: The amylase gene cluster in house mice (Mus musculus) was subject to repeated introgression including the rescue of a pseudogene. BMC Evolutionary Biology 20, 56 (2020)

Carpenter, E. J.; Matasci, N.; Ayyampalayam, S.; Wu, S.; Sun, J.; Yu, J.; Jimenez Vieira, F. R.; Bowler, C.; Dorrell, R. G.; Gitzendanner, M. A. et al.; Li, L.; Du, W.; Ullrich, K. K.; Wickett, N. J.; Barkmann, T. J.; Barker, M. S.; Leebens-Mack, J. H.; Wong, G. K.-S.: Access to RNA-sequencing data from 1,173 plant species: The 1000 Plant transcriptomes initiative (1KP). GigaScience 8 (10), giz126 (2019)

Leebens-Mack, J. H.; Barker, M. S.; Carpenter, E. J.; Deyholos, M. K.; Gitzendanner, M. A.; Graham, S. W.; Grosse, I.; Li, Z.; Melkonian, M.; Mirarab, S. et al.; Porsch, M.; Quint, M.; Rensing, S. A.; Soltis, D. E.; Soltis, P. S.; Stevenson, D. W.; Ullrich, K. K.; Wickett, N. J.; DeGironimo, L.; Edger, P. P.; Jordon-Thaden, I. E.; Joya, S.; Liu, T.; Melkonian, B.; Miles, N. W.; Pokorny, L.; Quigley, C.; Thomas, P.; Villarreal, J. C.; Augustin, M. M.; Barrett, M. D.; Baucom, R. S.; Beerling, D. J.; Benstein, R. M.; Biffin, E.; Brockington, S. F.; Burge, D. O.; Burris, J. N.; Burris, K. P.; Burtet-Sarramegna, V.; Caicedo, A. L.; Cannon, S. B.; Çebi, Z.; Chang, Y.; Chater, C.; Cheeseman, J. M.; Chen, T.; Clarke, N. D.; Clayton, H.; Covshoff, S.; Crandall-Stotler, B. J.; Cross, H.; dePamphilis, C. W.; Der, J. P.; Determann, R.; Dickson, R. C.; Di Stilio, V. S.; Ellis, S.; Fast, E.; Feja, N.; Field, K. J.; Filatov, D. A.; Finnegan, P. M.; Floyd, S. K.; Fogliani, B.; García, N.; Gâteblé, G.; Godden, G. T.; Goh, F.; Greiner, S.; Harkess, A.; Heaney, J. M.; Helliwell, K. E.; Heyduk, K.; Hibberd, J. M.; Hodel, R. G. J.; Hollingsworth, P. M.; Johnson, M. T. J.; Jost, R.; Joyce, B.; Kapralov, M. V.; Kazamia, E.; Kellogg, E. A.; Koch, M. A.; Von Konrat, M.; Könyves, K.; Kutchan, T. M.; Lam, V.; Larsson, A.; Leitch, A. R.; Lentz, R.; Li, F.-W.; Lowe, A. J.; Ludwig, M.; Manos, P. S.; Mavrodiev, E.; McCormick, M. K.; McKain, M.; McLellan, T.; McNeal, J. R.; Miller, R. E.; Nelson, M. N.; Peng, Y.; Ralph, P.; Real, D.; Riggins, C. W.; Ruhsam, M.; Sage, R. F.; Sakai, A. K.; Scascitella, M.; Schilling, E. E.; Schlösser, E.-M.; Sederoff, H.; Servick, S.; Sessa, E. B.; Shaw, A. J.; Shaw, S. W.; Sigel, E. M.; Skema, C.; Smith, A. G.; Smithson, A.; Stewart, C. N.; Stinchcombe, J. R.; Szövényi, P.; Tate, J. A.; Tiebel, H.; Trapnell, D.; Villegente, M.; Wang, C.-N.; Weller, S. G.; Wenzel, M.; Weststrand, S.; Westwood, J. H.; Whigham, D. F.; Wu, S.; Wulff, A. S.; Yang, Y.; Zhu, D.; Zhuang, C.; Zuidof, J.; Chase, M. W.; Pires, J. C.; Rothfels, C. J.; Yu, J.; Chen, C.; Chen, L.; Cheng, S.; Li, J.; Li, R.; Li, X.; Lu, H.; Ou, Y.; Sun, X.; Tan, X.; Tang, J.; Tian, Z.; Wang, F.; Wang, J.; Wei, X.; Xu, X.; Yan, Z.; Yang, F.; Zhong, X.; Zhou, F.; Zhu, Y.; Zhang, Y.; Ayyampalayam, S.; Barkman, T. J.; Nguyen, N.-p.; Matasci, N.; Nelson, D. R.; Sayyari, E.; Wafula, E. K.; Walls, R. L.; Warnow, T.; An, H.; Arrigo, N.; Baniaga, A. E.; Galuska, S.; Jorgensen, S. A.; Kidder, T. I.; Kong, H.; Lu-Irving, P.; Marx, H. E.; Qi, X.; Reardon, C. R.; Sutherland, B. L.; Tiley, G. P.; Welles, S. R.; Yu, R.; Zhan, S.; Gramzow, L.; Theißen, G.; Wong, G. K.-S.; One Thousand Plant Transcriptomes Initiative: One thousand plant transcriptomes and the phylogenomics of green plants. Nature 574 (7780), pp. 679 - 685 (2019)

Lustyk, D.; Kinský, S.; Ullrich, K. K.; Yancoskie, M.; Kasíková, L.; Gergelits, V.; Sedlácek, R.; Chan, Y. F.; Odenthal-Hesse, L.; Forejt, J. et al.; Jansa, P.: Genomic structure of Hstx2 modifier of Prdm9-dependent hybrid male sterility in mice. Genetics 213 (3), pp. 1047 - 1063 (2019)

Xie, C.; Bekpen, C.; Künzel, S.; Keshavarz, M.; Krebs-Wheaton, R.; Skrabar, N.; Ullrich, K. K.; Tautz, D.: A de novo evolved gene in the house mouse regulates female pregnancy cycles. eLife 8, e44392 (2019)

Mosca, E.; Cruz, F.; Gómez-Garrido, J.; Bianco, L.; Rellstab, C.; Brodbeck, S.; Csilléry, K.; Fady, B.; Fladung, M.; Fussi, B. et al.; Gömöry, D.; González-Martínez, S. C.; Grivet, D.; Gut, M.; Hansen, O. K.; Heer, K.; Kaya, Z.; Krutovsky, K. V.; Kersten, B.; Liepelt, S.; Opgenoorth, L.; Sperisen, C.; Ullrich, K. K.; Vendramin, G. G.; Westergren, M.; Ziegenhagen, B.; Alioto, T.; Gugerli, F.; Heinze, B.; Höhn, M.; Troggio, M.; Neale, D. B.: A reference genome sequence for the european Silver Fir (Abies alba Mill.): a ommunity-generated genomic resource. G3: Genes, Genomes, Genetics 9 (7), pp. 2039 - 2049 (2019)

Scheid, O. M.; Mérai, Z.; Graeber, K.; Arshad, W.; Leubner-Metzger, G.; Grosche, C.; Ullrich, K. K.; Wilhelmsson, P.; Rensing, S. A.; Tarkowská, D. et al.; Strnad, M.; Turečková, V.: Aethionema arabicum: a novel model plant to study the light control of seed germination. Journal of Experimental Botany 70 (12), pp. 3313 - 3328 (2019)

Wilhelmsson, P. K. I.; Chandler, J. O.; Fernandez-Pozo, N.; Graeber, K.; Ullrich, K. K.; Arshad, W.; Khan, S.; Hofberger, J. A.; Buchta, K.; Edger, P. P. et al.; Pires, J. C.; Schranz, M. E.; Leubner-Metzger, G.; Rensing, S. A.: Usability of reference-free transcriptome assemblies for detection of differential expression: a case study on Aethionema arabicum dimorphic seeds. BMC Genomics 20, 95 (2019)

Heer, K.; Ullrich, K. K.; Hiss, M.; Liepelt, S.; Schulze Brüning, R.; Zhou, J.; Opgenoorth, L.; Rensing, S. A.: Detection of somatic epigenetic variation in Norway spruce via targeted bisulfite sequencing. Ecology and Evolution 8 (19), pp. 9672 - 9682 (2018)

Živanović, B. D.; Ullrich, K. K.; Steffens, B.; Spasić, S. Z.; Galland, P.: The effect of auxin (indole-3-acetic acid) on the growth rate and tropism of the sporangiophore of Phycomyces blakesleeanus and identification of auxin-related genes. Protoplasma 255 (5), pp. 1331 - 1347 (2018)

Nishiyama, T.; Sakayama, H.; de Vries, J.; Buschmann, H.; Saint-Marcoux, D.; Ullrich, K. K.; Haas, F. B.; Vanderstraeten, L.; Becker, D.; Lang, D. et al.; Vosolsobě, S.; Rombauts, S.; Wilhelmsson, P. K.I.; Janitza, P.; Kern, R.; Heyl, A.; Rümpler, F.; Villalobos, L. I. A. C.; Clay, J. M.; Skokan, R.; Toyoda, A.; Suzuki, Y.; Kagoshima, H.; Schijlen, E.; Tajeshwar, N.; Catarino, B.; Hetherington, A. J.; Saltykova, A.; Bonnot, C.; Breuninger, H.; Symeonidi, A.; Radhakrishnan, G. V.; Nieuwerburgh, F. V.; Deforce, D.; Chang, C.; Karol, K. G.; Hedrich, R.; Ulvskov, P.; Glöckner, G.; Delwiche, C. F.; Petrášek, J.; de Peer, Y. V.; Friml, J.; Beilby, M.; Dolan, L.; Kohara, Y.; Sugano, S.; Fujiyama, A.; Delaux, P.-M.; Quint, M.; Theißen, G.; Hagemann, M.; Harholt, J.; Dunand, C.; Zachgo, S.; Langdale, J.; Maumus, F.; Straeten, D. V. D.; Gould, S. B.; Rensing, S. A.: The Chara Genome: secondary complexity and implications for plant terrestrialization. Cell 174 (2), pp. 448 - 468 (2018)

Lang, D.; Ullrich, K. K.; Murat, F.; Fuchs, J.; Jenkins, J.; Haas, F. B.; Piednoel, M.; Gundlach, H.; Bel, M. V.; Meyberg, R. et al.; Vives, C.; Morata, J.; Symeonidi, A.; Hiss, M.; Muchero, W.; Kamisugi, Y.; Saleh, O.; Blanc, G.; Decker, E. L.; van Gessel, N.; Grimwood, J.; Hayes, R. D.; Graham, S. W.; Gunter, L. E.; McDaniel, S. F.; Hoernstein, S. N.W.; Larsson, A.; Li, F.-W.; Perroud, P.-F.; Phillips, J.; Ranjan, P.; Rokshar, D. S.; Rothfels, C. J.; Schneider, L.; Shu, S.; Stevenson, D. W.; Thümmler, F.; Tillich, M.; Aguilar, J. C. V.; Widiez, T.; Wong, G. K.-S.; Wymore, A.; Zhang, Y.; Zimmer, A. D.; Quatrano, R. S.; Mayer, K. F.X.; Goodstein, D.; Casacuberta, J. M.; Vandepoele, K.; Reski, R.; Cuming, A. C.; Tuskan, G. A.; Maumus, F.; Salse, J.; Schmutz, J.; Rensing, S. A.: The Physcomitrella patens chromosome-scale assembly reveals moss genome structure and evolution. The Plant Journal 93 (3), pp. 515 - 533 (2018)

Perroud, P.-F.; Haas, F. B.; Hiss, M.; Ullrich, K. K.; Alboresi, A.; Amirebrahimi, M.; Barry, K.; Bassi, R.; Bonhomme, S.; Chen, H. et al.; Coates, J. C.; Fujita, T.; Guyon-Debast, A.; Lang, D.; Lin, J.; Lipzen, A.; Nogué, F.; Oliver, M. J.; de Léon, I. P.; Quatrano, R. S.; Rameau, C.; Reiss, B.; Reski, R.; Ricca, M.; Saidi, Y.; Sun, N.; Szövenyi, P.; Sreedasyam, A.; Grimwood, J.; Stacey, G.; Schmutz, J.; Rensing, a. S. A.: The Physcomitrella patens gene atlas project: large-scale RNA-seq based expression data. The Plant Journal 95 (1), pp. 168 - 182 (2018)

Schmitz, J. F.; Ullrich, K. K.; Bornberg-Bauer, E.: Incipient de novo genes can evolve from frozen accidents that escaped rapid transcript turnover. Nature Ecology & Evolution 2 (10), pp. 1626 - 1632 (2018)

Weston, D. J.; Turetsky, M. R.; Johnson, M. G.; Granath, G.; Lindo, Z.; Belyea, L. R.; Rice, S. K.; Hanson, D. T.; Engelhardt, K. A. M.; Schmutz, J. et al.; Dorrepaal, E.; Euskirchen, E. S.; Stenøien, H. K.; Szövényi, P.; Jackson, M.; Piatkowski, B. T.; Muchero, W.; Norby, R. J.; Kostka, J. E.; Glass, J. B.; Rydin, H.; Limpens, J.; Tuittila, E.-S.; Ullrich, K. K.; Carrell, A.; Benscoter, B. W.; Chen, J.-G.; Oke, T. A.; Nilsson, M. B.; Ranjan, P.; Jacobson, D.; Lilleskov, E. A.; Clymo, R. S.; Shaw, A. J.: The Sphagnome Project: enabling ecological and evolutionary insights through a genus-level sequencing project. New Phytologist 217 (1), pp. 16 - 25 (2018)

Wilhelmsson, P. K. I.; Mühlich, C.; Ullrich, K. K.; Rensing, S. A.: Comprehensive genome-wide classification reveals that many plant-specific transcription factors evolved in streptophyte algae. Genome Biology and Evolution 9 (12), pp. 3384 - 3397 (2017)

Szövényi, P.; Ullrich, K. K.; Rensing, S. A.; Lang, D.; van Gessel, N.; Stenøien, H. K.; Conti, E.; Reski, R.: Selfing in haploid plants and efficacy of selection: codon usage bias in the model moss Physcomitrella patens. Genome Biology and Evolution 9 (1), pp. 1528 - 1546 (2017)